Charlotte Rafn begyndte at spille violin i en alder af 4 år, hos Tove Detreköy på Det Danske Suzuki Institut.

I en alder af 13 år begyndte hun studier hos prof.Milan Vitek,og studerede 1990-1995 på Det Kgl.Danske Musikkonservatorium og i Oberlin, Ohio, ligeledes hos Milan Vitek.

I 1995 konkurrerede Charlotte sig ind i Det Kgl.Kapel, men inden hun tiltrådte stillingen som 1.violinist, studerede hun i Tel Aviv, Israel, hos Prof.Chaim Taub.

I år 2000 flyttede Charlotte til Berlin. Her studerede hun hos koncertmester Daniel Strabrawa (Berliner Philharmonikerne) og senere hos Alessandro Cappone (Berliner Philharmonikerne). I Berlin spillede hun i Ensemble Oriol under ledelse af bla.Christian Tetzlaff, og hun assisterede ved flere lejligheder i Berliner Philharmonikerne under ledelse af Claudio Abbado,Sir Simon Rattle m.fl.

Charlotte har deltaget i mange kammermusikalske sammenhænge og kammerorkestre, herunder Mahler Chamber Orchestra. I 2003 blev hun fastansat ved Deutsche Oper Berlin v. chefdirigent Christian Thielemann. Charlotte er nu fastansat i Det Kgl.Kapel igen siden 2006.